《孢子》的世界观相对而言其实是一个相对简单的故事，游戏机制才是最大的设计难点。
一款游戏里面要包含多种玩法类型
1、孢子阶段
2、野兽阶段
3、部落阶段
4、文明阶段
5、星际阶段
这五种阶段相互之间还需要有联系和递进，上一个阶段的某些属性或者能力要集成到下个阶段的初始，在每个阶段的过程中也需要有多次进化，不过这里的每次进化不像是一般的游戏里面有等级成长然后分配属性点，主要还是依靠每个阶段特殊的设定。
在孢子阶段，也就是游戏的最开始，所有的玩家扮演的是一个单细胞动物，出生在海洋之中，然后通过不断的吞噬来获得成长。在成长的过程中可以获得不同的组建，比如嘴器——一种进食器官，有三种，分别是素食嘴器，肉食嘴器，和杂食嘴器。杂食嘴器的获得难度最大，毕竟很难获取。
角色的速度由鞭毛、脊等几种，最重要的是攻击型器官，有电击囊、刺针、嘴钳、毒囊等多种。玩家需要操作角色来吞噬其他的动物或者是植物，然后获得成长，最终让自己的组件越来越多，角色也就越来越强，等到阶段的最后，就可以操作角色从海洋中走出来，走上陆地，进入野兽阶段。
第二个阶段是野兽阶段，玩法就已经不是那么单一了。玩家根据自己的在海洋生物时候的一些器官来决定这个时候的野兽性质，比如肉食性动物肯定具有很强的攻击型，而素食性动物则是拥有社交属性。不同的属性玩法是不一样的，可以对其他不同类型的生物攻击或者是攻略。这里攻略是通过一些社交行为达成一定的友好度，从而将其变为自己的“小弟”。
玩家操纵的野兽需要不断的攻略或者灭杀其他的族群来获得他们的特殊器官，不断的强化自己。攻击方式有多种多样，如喷射攻击、撕咬攻击、冲撞攻击等，其中喷射攻击就是继承自海洋生物时代的毒液囊器官。而取悦其他的生物同样也可以获得他们族群的特殊器官，取悦的方式自然也分为多种，有唱歌啊，跳舞啊，散播诱惑气息等。每个生物的种群有多个，必须要攻略超过五个甚至更多才能获取他们的特殊器官。
这里当然还有在大陆上到处散落的各种不知名的器官，有些器官甚至是某些大型生物的，十分的强力。在大陆上还有很多无比强大的生物，在玩家角色不过寥寥几十生命值的时候，那些大型生物往往上千血量，稍微不小心碰到了一脚，就会让角色嗝屁掉。不过你可以远远的跟随，如果两个史前生物相遇，他们发生了战斗，两虎相争必有一死，到时候你就可以偷偷上去捡漏，一些特殊而强大的生物组件如果被捡到了就发达了。
当然玩家的角色也不是单打独斗，可以通过求偶获得伴侣然后生下来自己的子孙后代，成为自己等跟随者，一起战斗，一起攻略其他的生物群落。如果你的角色死亡，而你原本的生物群落已经不知道哪里去，你还需要跋山涉水去寻找你的种群。要千万记住两点，不要靠近巨型生物，不要靠近海边，当你离开海洋的时候，那里已经发生了惊天的变化，一些巨型生物的出现，连史前生物都能被吞噬掉。
当积累了无数个年月，当你已经成为这片大陆上当之无愧的最强生物的时候，你可以进化至部落阶段了。
这就是第三个阶段，但是和你同样进化至部落阶段的可不止你们一个族群，还有其他不知道为什么在地上爬着的生物也能进化至部落。而你需要做的，是将他们的部落图腾收归自己，无论是通过战争的手段还是通过怀柔的手段。
就好像是在玩一个简单的rts游戏一样，你需要生存，就需要去储集食物；储集食物的方式有多种，可以采集树上的水果，也可以到海边去钓鱼，当然也可以猎杀尚未进化至部落阶段的其他生物来获取肉食；如果你有耐心的话，甚至可以去驯化一些生物，把它们豢养在圈子里，隔一段时间就能获取一定量的食物。
在这个阶段，你的力量已经不仅限于自己身体了，可以使用一些工具，上面说的鱼竿就是其中的一种；有进攻型攻击，比如飞矛和木棒，对了斧头和火把也是必须要有的工具；当然也可以有一些其他的工具，音乐是主要的社交的工具，有笛子、鼓、陶埙等。那边可以将一个部落里的生物全部灭杀以获得他们的图腾，也可以通过乐器的方式来取悦他们，让他们心甘情愿的把自己的部落图腾双手奉上。
在这个过程中你必须要不断的储存食物，然后不断的生小宝宝来扩充自己的部落实力。一些新生的部落，刚一出现就会对玩家角色的部落满是敌意，如果是军事主义者，直接派十来人的大军二话不说上去干就成了；但是如果想要通过社交的方式来获得图腾，那就需要先用食物收买他们获得基础的好感度。
这个时候，部落里面已经会出现一些简单的分工了，一些成员主要从事生产，一些成员去攻略其他的部落，持不同的武器或者不同的乐器，对他们来说就是一种不同的职业。而力量的强大，已经让他们能和史前巨型生物打一仗了。
第四个阶段中，当大路上所有的部落图腾都被搜刮来了，此时的角色应该可以说是拥有了文明，进入了国家阶段。
而角色能够看到的视野也变得更加广阔，一整个星球都纳入视野范围内，这里有玩家所在的国家，也有其他的国家。不同的国家，其主要的形态都不太一样，有的是商业国度，有些是宗教国家，有些是军事强国。玩家同样也可以修改自己国家的属性，这样结果就是，想要去攻略其他国家的方式就稍显不同。