碇真嗣按照明日香记忆中的那样，将自己身上的血肉一点点切割下来，初号机身上受到的伤。很快就能够在at力场的弥补之下恢复，而这些被切割下来的血肉落在三号机的身上，立刻就弥补了三号机身上那些残缺不全的缺口。慲
总部中没人知道碇真嗣在做些什么，但被一个普通的孩子威慑，还是让他们感到了十分恼火，因此许多人都在尝试想办法去打破这份威慑。
初号机虽然活动时间已经没有了限制，S2机关可以提供无线能源。但插入出内部的环境还是要进行维护的，lcl液体虽然只要不断地通入空气，就能将氧气溶解进去，但长期使用的话也是会变得浑浊的，必须要离开驾驶舱进行更换才行，虽然lcl液体并不难以获得，只要从血红色的海水中过滤就可以得到，但碇真嗣只要稍微离开驾驶舱，就立刻会有人行动将其抓捕。
正因如此，即便总部按照他的要求提供了给他更换的lcl液体，也从没有放弃对这个不可控因素的掌控。
碇真嗣自然也是知道这一点的，他只有一个人，而在只有一个人的情况下，自己在初号机的身上就只能不吃不喝，一直和对方耗着，但如果是两个人甚至更多的话，那情况就截然不同了。
下来进行换班的时候，完全可以由另一个人负责防御，替换他对人类政府一方的攻击进行警戒。
这也是碇真嗣想要想办法将三号机彻底修复的重要原因，只要三号机重新站起来，那他就可以有足够的时间对自己的机体对自己的插入栓进行整备，他对于全人类的武力威慑也就能维持下去。
而在这种威慑之下，将所有的使徒杀死，然后将幕后的seele揪出来，彻底让人类社会恢复和平，这就是他现在想要做的事情，也是他现在有能力做的事情。慲
当幕后黑手一个个被他找出来解决掉后，人类世界也就得以恢复到灾难发生之前的正轨了。
初号机的血肉还在一点点的再生，而这些血肉落在三号机的身上也很快在几乎变成了一副骨架的三号机身上生长。
原本只剩下了骨架的机体开始一点点的被肌肉丰满起来，EVA就是这样一种非常奇特的生物机甲在血肉的填充之下，很快就恢复到了原本的形态。除了外部的约束装甲没有恢复之外，看起来已经和一个正常的EVA没什么区别了。
在初号机的辅助下，两位驾驶员回到了驾驶舱之中，并且重新被插入到了三号机的体内。然后在总部有些绝望的目光之中，原本已经损坏到几乎无法修复的三号机竟然重新动了起来。
碇源堂即便是将手挡在脸前，也难以掩饰眼神中的变化。这一切已经彻底超出了控制，现在他只能寄希望于最强的力天使足够强大了，如果力天使能够打败初号机起码是彻底损坏两台机器中的一台。那么一切就还有回到正轨的希望。
随着三号机在两位驾驶员的操控之下重新动起来，初号机也将插入栓从背后弹了出来。
长时间的驾驶让机体内部的液体已经变得相当浑浊，更换之后这才重新恢复了清澈，at力场是一种很方便的东西，不只是可以用来攻击和防御，甚至还可以用来检测液体之中是否有毒素存在。慲
总部那边的确耍了些小聪明，在其中一部分的液体之中，放置了缓慢生效的神经毒素，但这些全都被三号机扔了回去，而且来到总部的大金字塔面前。警告性的又在金字塔上开了一个天窗。
现在的局面变得非常古怪。总部现在必须要给反叛的机体提供维护的资源，而偏偏他们还被这些反叛的机体把刀架在脖子上。
……
又是那个漆黑一片的大厅，大厅之中一块块石碑悬浮在那里，石碑之上是苹果七只眼睛，还有蛇的图案，那正是seele组织成员的标志，其中还有类似大脑的结构，那意味着他们的高级成员的思维也储存在石碑之中。至少是部分储存在石碑之中。
此时他们正在进行一场意义重大的交流：“这次历史的重启已经彻底超出了我们的预计，量产机还没有完功，即便是想要提前触发冲击，重启世界也是做不到的。
我们应该考虑更终极的手段了。”
“那样做只会引入更多的不可控因素，我们已经太久没有联系过祂了，一次次维持着轮回，一次次推动着我们的剧本，你们是不是已经忘记了？这个世界的轮回并非回到过去。而只是将我们所在的这颗星球逆转到过去的状态。慲