经过了千辛万苦，终于把村民们都迁移到了穆陵关。商毅首先下令，让所有参加了出征救援兖州的士兵们都休息三天。而关城的防务暂时仍由留守的人马驻守。并且又派出侦察队的士兵，到附近四外去打探清军的动态。
士兵虽然都休息了，但商毅还不能停下来，因为马上就要给迁进关内的村民安排住所。
商毅离开穆陵关之后，关内的建设施亠并没有停止，在唐镇的安排下，依然按原来的施工计划进行。城內的四条主干道以经全部建成，四个分区中，东南区的千总衙门和仓库都以经全部完工，千总衙门里的摆设家俱，也都安排了大部份，以经可以入住了。西南区的兵营和各个工匠作坊及操场的工程也临近尾声，可以交付使用。
而西南、西北两个居民区，以及东南区的民宅工程，仅仅只完成了临街的一排两层楼，其他的民宅还没有来得及动工，只是暂时在西南区的空地搭建了六百多个窝棚，这些窝棚虽然比不上房屋，但也能遮风挡雨，比住帐蓬还是强得多。
不过一大部份的窝棚都以经分给了先期搬进穆陵关的村民居住。而在西北区也还有数百个窝棚正在搭建中。因此这一次到达穆陵关的村民们，暂时都只能在操场和东南区的的空余地区扎帐蓬安居。
商毅决定，将千总衙门作为穆陵关的总指挥部，各级将领毎天都在这里聚集，商议军事。而周世奇和唐镇一家，都被商毅请到千总衙门里的后宅居住，因为后宅的位置不小，还是三层楼，商毅暂时也用不了这么多房间。
接着商毅将各区临街的那一排两层楼，优先分配给军队的将领，哨长家庭，以及工匠们居住，也给孙家兄弟的家属还有洋和尚阿科尼亚，都安排住在这里。而空余出来的其他房间也都用作医院、伙房、库房和备用房间。
随后就是安置村民，先前以经入住的就不动了，将剩余的窝棚全都分配给村民。当然现在也只有一小部份村民能够分到离棚，优先照顾最初三个村子的村民，而其余的暂时还是扎帐蓬安居。等新窝棚修好之后，再逐一分配。当然商毅也让工匠加紧修建，力争早曰让所有村民都搬进窝棚。
而在商毅出征之前，购买的粮食和各种物资也都到位，因此商毅也马上开始统计城里的居民、物资。才好做到心里有数，同时也是便于管理。
经过了三天的忙碌，各项数据也都被逐一统计出来。
加上从箕屋村迁移过来的人口，现在穆陵关中一共有一千八百八十三户，人口八千五百七十七人。以经大大超过了穆陵关原先设计容纳的人口数量。不过现在是非常时期，也只能尽量挤压地方。好在现在是隆冬季节，不易滋生疾病。同时山东的冬季，雨雪也不多，因此还是能度过去的。
于是商毅将人口进行了一次整理，按四十户为一个小组，以一户为小组长，付责管理整个小组；又以五个小组为一个大组，指定五个小组长中的一个为大组长，付责管理整个大组，分别登记造册。于是全城的居民共分为四十七个小组，九个大组，以后无论是分配食物、物资、住所，还是调动劳力，都将以小大组为单位。不仅方便，也便提高效率。
而现在穆陵关储备的物资有：粮食一万两千五百八十石，面粉一千七百五十石。白银有六万二千四百两，黄金一千三百六十两，其他的布料、木材、牛皮、棉花、食盐等物资，牛、猪、羊、狗、鸡、鸭等牲蓄家禽也都各有若干。
现在最重要的物资就是粮食，商毅估计了一下，目前关里的粮食差不多能够支付五到六个月，应该够坚持到这一次清军撤军。由于现在穆陵关的粮食是执行统一分配制，因此商毅也制定出毎人毎天的口粮标准，在正常情况下：士兵一天的口粮为一斤，青壮年妇女的口粮为十二两，老人为和十至十四的少年均为十两，十岁以下的儿童为八两。而到了战争的时候，则根据实际情况，另行补助。
同时商毅又对居民做出了三点规定，一、严禁打架斗殴，偷盗抢劫，一经发现，立刻逐出关去，决不轻饶。二、每天的饭食和饮用热水都由各组组长带领人手，统一到伙堂领取，各窝棚的居民的用火必须在露天指定地点进行，绝对严禁在家中点火，以防造成火灾，一但发现，处罚当天的饭食减半。三、禁止随地大小便，毎户都发给一个便桶，并指定位置倾倒，如果发现有人随地大小便，处罚每天收集便桶，清理粪便的工作。
同时商毅又组织了一支监察队，由少年队的士兵组成，每天就在城里巡察，抓到违返规定的人，立即进行处罚，并向全城公布。
另外穆陵关里的军用物资有：马三百二十七匹，生铁五千三百斤，配置好的火药一千四百斤，另有三千五百斤木炭，八百斤硝和一千三百斤硫磺。
军器方面，有铁甲两千八百四十五套，皮甲一千三百七十四套，绵甲八百七十八套，长弓四百三十八把，短弓二百一十六把，箭三万五千支，盾牌一千二百面，刀枪器械六千七面余件。
火器方面，有虎蹲炮八门，小型佛郎机炮四门，中型佛郎机炮三门。鸟铳三百0二支，其中有一百四十四支需要改造，鲁密铳一百支，其中有三十九支需要维修。
在工匠方面，穆陵关内现在有泥水匠六十二人，铁匠四十二人、木匠四十五人，火药匠十二人，郎中九人。
商毅将各工匠按自己的作坊分配，开始工作。泥水匠和木匠现先抓紧抢工，搭建窝棚，力争尽快让所有居民都搬离帐蓬。人手不够，就从居民中抽调人手帮忙。铁匠也都停下其他的工作，在孙和鼎的指导下，全力抢修需要改造修善的火铳。而火药匠一方面要将现在配料调配成火药，另一方面还要把以经调配成功的火药定各种火炮火铳的定量包装，以方便使用。郎中则是配制各种刀伤药，准备医治伤兵。洋和尚阿科尼亚现在被分到跟着郎中们一起干活。
等士兵们的假期都结束之后，商毅也在操场上招集全集士兵，为在求援兖州的战斗中战死的士兵们举行了一个盛大的葬礼，并且在城外的山上找了一块向阳的地方，统一掩埋。而且商毅亲自在坟前祭奠，给毎个死者都敬上三柱香。又在坟前重申，对死者家庭的抚恤标准不会改变。随后士兵们也集体对坟墓叩拜。表示对死者的尊崇。